Anthropic은 8월 18일 실험 기록을 공개했다. 특정 단백질 표적에 결합하는 저분자 결합체를 처음부터 설계하도록 Claude에게 맡긴 결과, 15개 표적 중 14개에서 사용 가능한 설계를 얻었다. 합성과 검증은 Adaptyv Bio와 Twist Bioscience가 맡았으며, 모델 스스로 채점한 것이 아니다.
결론보다 숫자가 더 설득력 있다. 다중 표적 모드에서 Mythos Preview의 적중률은 26.7%, Opus 4.8은 22.6%였다. 단일 표적에 집중하도록 전환하자 Mythos Preview는 35.1%까지 올라갔다. 참고로 이 분야에서 공개적으로 보고된 전형적인 적중률은 10~15% 수준이다. 전체적으로 1320개의 설계에서 354개의 실험 검증된 결합체가 나왔고, 6개 표적에서 고친화도 결합체를 얻었으며 그중 4개 표적의 설계는 기존에 발표된 최고 수준과 같거나 이를 넘어섰다.
까다로운 표적들
RBX1은 그 격차를 가장 잘 보여주는 표적이다. Claude의 적중률은 이 표적에서 40%에 달했지만, 같은 과제를 다룬 경진대회 참가자들의 평균은 3.7%에 불과했다. 최종 설계는 그해 우승작보다도 우수했다.
TNFα에서는 종을 넘나드는 설계에 도전했다. 같은 배치의 설계가 인간, 마카크원숭이, 마우스의 단백질에 동시에 결합했다. 이는 신약 개발에서 무게감이 크다. 동물 실험과 인체 시험에서 동일한 분자를 공유할 수 있는지 여부가 초기 개발 기간을 직접 좌우하기 때문이다.
또 다른 한 그룹은 일부러 난이도가 높은 과제를 골랐다. β-시트 함량이 높은 결합체 설계였다. 이런 구조는 β-가닥 간 페어링의 오차 허용 범위가 좁아 계산 설계에서 오랫동안 다루기 어려운 대상이었다. 이번에는 β-가닥 비율이 20% 이상인 유효 결합체를 15개 만들어냈다.
실패한 부분도 공식적으로 기록했다. BBF-14와 MBP 두 표적에서는 성과가 부진했다. 성공만 나열한 실험 기록은 아무도 믿지 않는다. 이 두 항목을 함께 공개한 것이 오히려 나머지 데이터의 신뢰도를 높인다.
연산 비용
이 과정은 저렴하지 않다. 다중 표적 모드는 한 회당 최대 12500 NVIDIA H100시간을 소모하며, 실제 소요 시간은 48시간이다. 단일 표적 모드는 표적당 2500 H100시간, 24시간이 걸린다. 초기 프롬프트는 약 3만 토큰이다.
현재 클라우드에서 H100의 일반적인 대여 가격을 시간당 2~3달러로 대략 계산하면, 12500시간은 한 회당 2만~3만 달러에 해당하고, 이를 15개 표적에 나누면 표적당 2000달러 안팎이다. 이는 초기 신약 발굴 예산에서 큰 금액이 아니다. 한 차례의 단백질 합성과 친화도 검증이라는 습식 실험 비용 자체가 이미 비슷한 규모이고, 기존 방식은 같은 적중률에 도달하기 위해 여러 차례 시행착오를 거쳐야 한다. 이 과정에서 연산이 가장 저렴한 부분이 됐다는 결론은 몇 년 전만 해도 성립하지 않았다.
덤으로 해낸 또 하나의 일
같은 실험군에는 Claude Opus 5를 이용한 분석화학 테스트도 포함돼 있었다. 과제는 실제 실험 장비의 출력 데이터를 처리하는 것으로, NMR 스펙트럼은 23분, LC-MS 데이터는 19분 만에 처리를 마쳤다. LC-MS의 원본 파일은 독점 포맷이었지만, 모델이 스스로 이를 해석해 2664회의 스캔 데이터를 대조했다.
정확도 대조는 이렇다. 수소 원자 개수는 수작업 결과와 0.08 ¹H 이내의 오차를 보였고, 순도 측정값은 96.4%로 나왔다. 실험실 대조값은 96.33%였다. 측정을 마친 뒤 모델은 다음에 진행해야 할 검증 실험을 스스로 제안했고, 그 방안은 실험실이 원래 계획했던 일정과 일치했다.
이 부분의 무게는 앞선 단백질 데이터에 가려질 수 있다. 신약 발굴에서 가장 인력을 많이 소모하는 것은 설계 단계가 아니라 매일 수십에서 수백 건의 스펙트럼을 해석하고 정리하는 일이며, 이는 박사후연구원의 일상 업무다. 독점 포맷의 장비 파일을 읽어내고 다음에 무엇을 할지 스스로 판단할 수 있는 모델은 바로 이 지점을 건드리고 있다.
함께 걸어둔 제한
Anthropic은 보고서에서 명확히 밝혔다. 단백질 설계와 그 밖의 이중 용도 생물학 연구 능력은 Claude Fable 5에서 일반 사용자에게 공개되지 않는다. 이는 회사가 스스로 마련한 관문이다. 결합체를 설계하는 능력은 다른 무언가를 설계하는 데도 쓰일 수 있기 때문에, 회사는 이를 소비자용 제품에 곧바로 탑재하는 대신 통제된 채널 안에 두는 쪽을 택했다.
실험에 사용된 데이터셋과 프롬프트는 이미 Hugging Face에 공개돼 있으며, 단백질 설계와 화학 분석 각각에 대한 기술 보고서도 한 편씩 공개됐다. 프롬프트까지 함께 공개했다는 점은, Anthropic이 이 방법의 진입 장벽을 연산과 습식 실험 단계에 있다고 보고 있으며 프롬프트 엔지니어링 자체에 있다고 보지 않는다는 것을 시사한다.
참고 출처: Anthropic 공식 리서치 페이지, Adaptyv Bio와 Twist Bioscience 실험 기록, CocoLoop, Hugging Face 공개 데이터셋; 적중률 산정 기준, H100 시간 수치, 순도 측정 대조값 96.4%를 교차 확인했다.