Le laboratoire de zoonoses virales du département de médecine vétérinaire de l'université de Cambridge a publié le 5 novembre dans Cell Reports Medicine un article décrivant un vaccin candidat contre la grippe aviaire H5 conçu avec l'aide de l'IA. Dans des expériences sur des souris et des furets, il a offert une protection complète contre plusieurs variants testés ; à titre de témoin, le vaccin contre la grippe aviaire stocké en réserve par l'Organisation mondiale de la santé (OMS) n'a laissé survivre qu'environ la moitié des animaux face aux mêmes virus.
L'étude est dirigée par le professeur Jonathan Heeney, avec la participation de la Dre Sneha Vishwanath ; parmi les partenaires figurent DIOSynVax (société issue de Cambridge), le Laboratoire national de microbiologie du Canada et l'institut italien IZSVe. DIOSynVax a été fondée en 2017 ; son nom est l'acronyme de Digitally Immune Optimised Synthetic Vaccines.
À quelle étape intervient l'IA
L'équipe a construit un outil qui rassemble les séquences génétiques issues de la surveillance mondiale de la grippe aviaire, provenant d'oiseaux sauvages, d'animaux d'élevage et de cas humains. À partir de là, elle a conçu une série de « super-antigènes » porteurs des caractéristiques communes à ce type de virus. Les antigènes candidats ont d'abord été criblés en cellules, et le plus performant est passé aux expériences animales. La présentation de Cambridge ne dit pas quel modèle a été utilisé.
Heeney décrit ces antigènes ainsi :
"The broadly protective antigens we design are entirely novel – they don't exist in nature."
(Les antigènes à large protection que nous concevons sont entièrement nouveaux : ils n'existent pas dans la nature.)
Selon Vishwanath, le vaccin amène le système immunitaire à cibler en même temps plusieurs étapes différentes du cycle de vie du virus. Heeney ajoute que l'IA a considérablement accéléré la conception des antigènes, mais que les candidats ainsi conçus doivent encore être testés un par un en laboratoire pour leur innocuité.
Comparaison avec le vaccin de réserve et le vaccin saisonnier
Les vaccins de réserve actuels de l'OMS sont conçus pour une seule souche. D'après Cambridge, leur protection contre les autres souches en circulation est très limitée, et le résultat du témoin dans cette expérience animale va dans le même sens.
Les vaccins antigrippaux saisonniers suivent une autre voie : prédire d'abord. Deux fois par an, l'OMS recommande, à partir des données de surveillance, les souches de la saison suivante, et les fabricants produisent en conséquence ; si la prédiction est à côté, la protection de la saison s'en ressent. La grippe aviaire H5 est encore plus difficile à prévoir : elle circule entre oiseaux, bovins et autres mammifères, se ramifie beaucoup et évolue vite.
L'approche de Cambridge change de logique : un seul antigène pour couvrir autant que possible tout un groupe de virus. Heeney présente l'objectif de conception comme une façon de neutraliser l'évolution du virus, sans avoir à courir chaque fois derrière les mutations. L'équipe avance aussi un indice supplémentaire : un antigène contre la grippe saisonnière qu'elle a conçu en 2018 reste efficace sept ans plus tard, selon des résultats préliminaires. Ce sont des données préliminaires, et la présentation ne donne pas de taux de protection précis.
Ce qui reste sans réponse
Pour l'instant, toutes les preuves viennent d'animaux. La présentation de Cambridge n'indique ni le nombre d'animaux par groupe, ni la méthode statistique, ni les variants précisément testés ; il faudra le vérifier dans le texte intégral de l'article. L'étape suivante est constituée par les essais cliniques chez l'humain, dont le calendrier n'a pas été publié ; l'innocuité du vaccin chez l'humain et sa capacité à produire la même protection n'ont pas encore été vérifiées.
Côté financement, l'équipe a obtenu en octobre 4,28 millions de livres sterling de UK Research and Innovation (UKRI) et du ministère britannique de l'Environnement, de l'Alimentation et des Affaires rurales (Defra) pour développer, avec des partenaires de Ratisbonne (Regensburg) et de Southampton, un vaccin visant à la fois la fièvre de Lassa, le virus de Marburg et le virus Ebola. Cette somme relève d'une autre ligne de recherche et n'a aucun rapport avec le vaccin contre la grippe aviaire.
Heeney dit que le moment qui les inquiète le plus est celui où la grippe aviaire s'adapte à survivre dans les voies respiratoires des mammifères. Ce que l'IA a raccourci dans cette recherche, c'est l'étape de conception des antigènes ; la durée des essais cliniques, de l'homologation et de la production de masse n'est pas abordée dans l'article.
Sources : communiqué officiel de l'université de Cambridge, informations sur l'article de Cell Reports Medicine, CocoLoop ; vérification des résultats de protection dans les expériences animales, du témoin avec le vaccin de réserve de l'OMS et des montants de financement de l'UKRI et du Defra.