Cette fois, l’IA ne s’est pas arrêtée à la prédiction de séquences. Les chercheurs ont synthétisé l’ADN proposé par le modèle, l’ont testé au laboratoire et ont obtenu 16 bactériophages capables de se répliquer et d’infecter E. coli.
L’étude est parue dans Science le 6 août, avec un communiqué de Stanford le même jour. Le point précis: il s’agit d’un petit virus bactérien bien connu, pas d’un pathogène humain.
Seize réussites sur près de 300 designs
Le modèle de départ était PhiX174, avec 5 386 nucléotides et 11 gènes. Evo 2 a été entraîné sur plus de 2 millions de génomes de phages, puis ajusté avec 14 466 séquences de Microviridae.
L’équipe a synthétisé près de 300 génomes et validé 16 candidats fonctionnels. Ils portaient 67 à 392 mutations nouvelles par rapport au génome naturel le plus proche; 13 contenaient des combinaisons absentes des séquences naturelles connues.
La combinaison crée la valeur et le risque
Arc indique qu’Evo-Phi36 a intégré une protéine d’empaquetage d’un phage G4 distant, ce que l’ingénierie rationnelle avait eu du mal à réussir. Le modèle a proposé un ensemble coordonné de changements d’ADN.
“The ability to compose viral genomes using generative AI now exists; the governance to safely steer it does not.”
L’avertissement résume la tension: la même capacité peut aider les thérapies par phages et imposer de nouvelles couches de contrôle.
Promesse médicale, contrôle de la synthèse ADN
Arc rapporte que des cocktails de phages conçus par IA ont surmonté la résistance de trois souches d’E. coli résistantes à PhiX174 en une à cinq passages. PhiX174 seul a échoué.
Les essais ont utilisé des hôtes non pathogènes et exclu les virus humains, animaux et végétaux des données d’entraînement. La sûreté doit associer accès au modèle, filtrage de synthèse ADN, revue de recherche et biosécurité de laboratoire.
Sources : Science, Stanford Report, Arc Institute, The Guardian, Axios, CocoLoop ; vérification de la publication dans Science, de l’entraînement et de l’ajustement d’Evo 2, de près de 300 designs synthétisés, de 16 phages fonctionnels, de 67 à 392 mutations, du contournement de résistance en une à cinq passages, des limites de biosécurité et du commentaire de gouvernance.