Le 25 août, le PDG de Shopify, Tobi Lütke, a déclaré publiquement envisager d'interdire l'usage de Claude Code au sein de l'entreprise, à moins qu'Anthropic ne change d'avis et laisse l'outil lire des fichiers comme AGENTS.md et .agents/skills. Selon lui, Claude Code s'obstine à ne lire que CLAUDE.md, ce qui crée une sorte de « dédoublement » entre les membres d'une équipe utilisant des outils différents — une taxe de complexité qui, dit-il, n'aurait pas dû exister.
Le litige porte sur un simple fichier Markdown
AGENTS.md est une convention introduite par OpenAI en août 2025 : les commandes de build, les méthodes de test et les règles de sécurité d'un projet sont consignées dans un fichier Markdown à la racine du dépôt, pour que les agents de programmation puissent comprendre la base de code en le lisant. Fin 2025, des données publiques indiquaient que plus de soixante mille projets open source utilisaient déjà ce fichier, et la norme elle-même a ensuite été confiée à l'Agentic AI Foundation, rattachée à la Linux Foundation. Codex, Cursor, Gemini CLI, GitHub Copilot, Jules et VS Code la reconnaissent tous.
Claude Code, lui, utilise son propre fichier CLAUDE.md. Pour un projet individuel, cela ne revient qu'à gérer un fichier supplémentaire ; pour une organisation comme Shopify, où des milliers de personnes partagent un dépôt volumineux, le problème change de nature : si un même répertoire ne contient qu'un des deux fichiers, les collègues utilisant un autre outil récupèrent un contexte incomplet.
Une requête restée sans suite pendant un an
Le ticket GitHub demandant une prise en charge native d'AGENTS.md par Claude Code existe depuis août 2025 et a rassemblé près de 5 000 votes, l'une des demandes de compatibilité les plus soutenues de ce dépôt. Plusieurs tickets similaires ont ensuite été fermés les uns après les autres, l'un d'eux avec la mention « pas de projet pour l'instant ». Les développeurs y ont laissé des centaines de commentaires, sans jamais obtenir de position officielle.
La communauté avait depuis longtemps trouvé une solution de contournement : transformer CLAUDE.md en lien symbolique vers AGENTS.md, ou simplement écrire dans CLAUDE.md la mention « voir AGENTS.md ». Cela fonctionne, mais il faut le refaire pour chaque dépôt.
Anthropic finit par donner une explication
Le jour même de la déclaration de Lütke, Thariq, d'Anthropic, a répondu dans le fil de discussion : l'équipe travaille à rendre Claude Code plus personnalisable, de sorte qu'il sera bientôt possible d'utiliser AGENTS.md ou de modifier directement le system prompt, avec plus de détails à venir une fois le travail terminé. C'était aussi la première fois que l'entreprise expliquait son refus initial : elle ne considère pas que les différentes familles de modèles soient interchangeables, car le system prompt influence fortement les performances — en interne, Claude Code maintient des prompts système distincts pour chaque modèle, ce qui représente déjà une charge de maintenance non négligeable.
Sur le plan technique, cet argument tient la route. Les mêmes instructions, appliquées à des modèles de fournisseurs différents, produisent effectivement des résultats sensiblement différents, et des prompts spécifiquement ajustés peuvent creuser un écart de performance notable. Mais cela explique pourquoi CLAUDE.md doit exister séparément, pas pourquoi il serait impossible de lire également AGENTS.md au passage — les deux ne sont pas incompatibles.
Les fichiers de contexte, nouveau champ de bataille
Une étude portant sur 2 926 dépôts GitHub montre que les fichiers de contexte sont déjà le moyen le plus courant pour les développeurs de donner des instructions aux agents de programmation. Dès lors que cette place est occupée par le format propriétaire d'une seule entreprise, le coût de migration retombe sur les utilisateurs : aujourd'hui, c'est un fichier de plus à maintenir ; demain, ce pourrait être l'ensemble des skills, des sous-agents et des configurations de permissions enfermé dans la structure de répertoires d'un seul fournisseur.
En termes de charge d'ingénierie, ce bras de fer paraît disproportionné. Faire en sorte que Claude Code se rabatte sur AGENTS.md lorsqu'il ne trouve pas CLAUDE.md tient en quelques dizaines de lignes de logique de recherche de fichier, un tout autre niveau que « maintenir des system prompts par modèle ». S'il s'agit vraiment de craindre qu'une instruction générique dégrade les performances, une simple ligne d'avertissement suffirait. C'est précisément le compromis que la communauté propose depuis un an : lire CLAUDE.md par défaut, se rabattre sur AGENTS.md en son absence, et donner la priorité à CLAUDE.md lorsque les deux existent.
Si la pression publique de Lütke a fonctionné, la logique est simple. Shopify est un utilisateur de Claude Code à grande échelle, et le PDG d'une entreprise cotée annonçant publiquement vouloir le bannir pèse bien plus lourd que 5 000 votes anonymes. Pour Anthropic, l'avance actuelle de Claude Code repose sur l'expérience produit, pas sur un verrouillage de format ; à l'heure où les développeurs utilisent déjà couramment plusieurs outils en parallèle, transformer la compatibilité en simple option activable est plus avantageux que de s'accrocher à un nom de fichier.
Sources : The New Stack, GitHub, CocoLoop, Hacker News ; l'ampleur de l'adoption d'AGENTS.md, le nombre de votes sur le ticket et les déclarations d'Anthropic ont été vérifiés à partir de pages publiques.